針對廣東自貿區前海蛇口片區的啟動，深圳海關、檢驗檢疫以及國稅地稅等部門也出臺了系列創新措施，支持片區發展。 
        據悉，深圳海關將立足深港合作的傳統優勢，率先升級快速通關模式，打造前海蛇口片區內海關特殊監管區域貨物經陸路口岸進出香港的物流直通通道。相比傳統轉關模式，通關環節減少了轉關申報、到位核銷、人工施封、人工驗封等4至5個，通關時間可縮短一半，實現深港進出貨物的物暢其流。此外，海關還將全力支持前海蛇口片區建設國家跨境電商示范基地，據了解，今年以來前海灣保稅港區進口電商業務呈井噴式發展。 
        檢驗檢疫方面將大力推進深港檢測結果互認。據悉，該部門正制定擴大第三方檢測結果采信工作方案，以風險分析為基礎，動態調整可采信第三方檢測結果的目錄，并積極與香港職能部門溝通協調，力推進深港檢測結果互認。 
        深圳市國稅局則同期推出10條稅收服務創新舉措，其中多元繳稅、全境執業、信用融資等7條舉措在內地稅務系統屬于首創。針對自貿區港人港企多的特點，深圳國稅專門打造系列稅收服務措施，包括實施多元繳稅，納稅人可通過境內異地賬戶、境外人民幣賬戶辦理稅收繳款，可使用網銀支付、第三方支付、移動支付等新興在線金融渠道繳納稅款。此外，深圳市國稅局還推出全境執業，對已執業備案的香港注冊稅務師出具的自貿區企業涉稅鑒證報告，予以采信。